A Missão do Centro de Inovação do Planalto Norte foi construída coletivamente pelo ecossistema estadual, portanto conforme a Rede Catarinense, a missão se divide em três eixos:
ATIVAR O ECOSSISTEMA DE INOVAÇÃO – a inovação acontece no fluxo (de ideias, talento, capital). Esse fluxo se cria a partir da conexão entre as pessoas e organizações. E, a conexão requer um ambiente de confiança para florescer.
GERAR E ESCALAR NEGÓCIOS INOVADORES – o CI é o ponto de referência regional para empreendedores ou potenciais empreendedores que querem transformar sua ideia nova em negócio, incorporar open innovation, se capacitar ou buscar conexões para a inovação.
CRIAR CULTURA INOVADORA E EMPREENDEDORA – para que a inovação aconteça e faça proliferar negócios e oportunidades significativas para a região, ela precisa se tornar parte da cultura, do espírito do Planalto Norte.